Haško tužilaštvo žalilo se na oslobađajuću presudu tražeći da se dvojicu vođa SDB-a proglasi krivima po svim točkama optužnice koja ih je teretila za zločine progona, ubojstva, deportacije i prisilnog premještanja hrvatskog i muslimanskog stanovništva i da se utvrdi da su zločini počinjeni u okviru udruženog zločinačkog pothvata kojemu je na čelu bio tadašnji srbijanski predsjednik Slobodan Milošević.
Prvostepenom oslobađajućom presudom bilo je utvrđeno da su Stanišić i Simatović slali u Hrvatsku i BiH jedinice specijalne namjene SDB-a tzv. “crvene beretke” koje su sa “škorpionima”, srpskom dobrovoljačkom gardom Željka Ražnatovića Arkana, te milicijom SAO Krajine počinile zločine no to nije bilo dovoljno da se utvrdi njihova odgovornost za te zločine jer nije dokazano da su ih slali s namjerom da se počine zločini. Ponuđeni dokazi nisu po prvostupanjskom vijeću dokazali ni njihovu namjeru sudjelovanja u udruženom zločinačkom pothvatu. Sud je Stanišiću i Simatoviću, koji su na privremenoj slobodi do izricanja presude, naložio povratak u pritvor u Scheveningenu. Njih dvojica pušteni su na slobodu nakon oslobađajuće presude u maju 2013.