Primenjivao je psihoanalitička znanja na književnost, stvorivši tako svojevrsnu psihologiju književnosti. Isto tako, praktikovao je i istraživanje religija, upravo iz ugla psihoanalize.
Frojd se dosta zanimao religijom. Bavio se raznim religijskim i mističnim učenjima i problemima, kao i uticajem tih učenja na ljudsku psihu i misao. Svoje mišljenje o religiji Frojd je formirao negde oko 1907. godine, kada izjavljuje da je to jedna vrsta „kolektivne opsesivne neuroze“, koja služi da zaštiti pojedinca od duševnog oboljenja.
Gledajući religiju kao društveni proizvod neurotičnih smetnji i nazivajući je kolektivnom neurozom – u analogiji sa individualnim neurozama – ovaj psiholog upoređuje vršenje verskih obreda sa prinudnim radnjama koje vrše opsesivni neurotičari.
„Kao što religiozni čovek mora u određeno doba dana ili nedelje da izvrši neku ritualnu radnju (umivanje, molitva i sl.), tako i opsesivni neurotičar mora u određeno doba da npr. opere ruke, namesti jastuk ili da izgovori neku magijsku formulu.“ (Žarko Trebješanin, „Frojdovo zaveštanje“)
Dok neurotičar, na primer, obavlja prinudne radnje iz uverenja da će se na taj način zaštiti od fiktivnih opasnosti, religiozni čovek veruje da će ga religiozni ritual spasiti od greha.
U knjizi „Totem i tabu“ Frojd se bavi poreklom religije. Smatrao je da je religija nastala kao proizvod krivice i kajanja, koji su se javili nakon izvršenog oceubistva u praistoriji čovečanstva. Tu je reč o praubistvu oca-tiranina od strane buntovnih sinova.
„Religija nastaje kao reakcija na osećanje krivice i kajanja, koje je nastupilo posle gnusnog čina oceubistva koji se odigrao u mračno doba preistorije čovečanstva. Ona oceubici daje mogućnost da ispolji drugu stranu ambivalentnog odnosa osećanja, svoju čežnju za ocem, kao i poštovanje prema njegovom autoritetu, te da time iskupi strašni greh.“ (Žarko Trebješanin, „Frojdovo zaveštanje“)
Dakle, Bog kao vrhovno biće u religiji je zapravo ubijeni otac, koji je, zbog kajanja, idealizovan i učinjen (maštom) moćnijim, nego što je bio dok je bio živ. Prvi oblici religija su iskazani u poštovanjima prema totemskim životinjama. „Totemska religija proistekla je iz svesti sinova o krivici, kao pokušaj da se ovo osećanje ublaži i da se naknadnom poslušnošću uvređeni otac primiri.“ (Frojd, „Totem i tabu“)
Kasnije (1927) Frojd je sve više razvijao mišljenje da je religija zapravo odgovor čoveka na osećanje nemoći, slabosti i straha. Tako u „Budućnosti jedne iluzije“ on kaže da je religija izrasla iz dečijeg osećanja bespomoćnosti. Pa tako, kao što osećanje nemoći u detinjstvu izaziva potrebu za za zaštitom, koju zadovoljavaju roditelji, tako i kasnije tokom života ta nemoć izaziva traženje pomoći, ali ovog puta u vidu moćnijeg roditelja (oca), koji se predstavlja kao Bog. Dakle, Bog je jedna zamena za oca, a religija je fantazija koja nastaje kao odgovor na osećanje sopstvene bespomoćnosti. Ovostranog oca zamenjuje onostrani Bog.
Takva jedna veštačka tvorevina zadovoljava, po Frojdu, tri čovekove potrebe. Potrebu za saznanjem, potrebu za utehom i pravdom, i potrebu za moralom.