Tužiteljstvo navodi da je, najkasnije od listopada 1991. do 30. studenoga 1995., optuženi sudjelovao u “sveobuhvatnom” udruženom zločinačkom pothvatu koji je imao za cilj trajno uklanjanje bosanskih Muslimana i bosanskih Hrvata s područja u Bosni i Hercegovini na koja su bosanski Srbi polagali pravo putem činjenja genocida, progona, istrebljivanja, ubojstava, deportacije i prisilnog premještanja.
Tužiteljstvo dalje navodi da je od travnja 1992. do studenoga 1995. optuženi sudjelovao u udruženom zločinačkom pothvatu pokretanja i provedbe kampanja snajperskog djelovanja i granatiranja civilnog stanovništva Sarajeva, čiji je primarni cilj bilo širenje terora među njim.
Karadžić se također tereti da je od dana koji su neposredno prethodili 11. srpnja 1995. pa sve do 1. studenoga 1995. godine sudjelovao u udruženom zločinačkom pothvatu koji je imao za cilj eliminiranje bosanskih Muslimana u Srebrenici, i to ubijanjem muškaraca i dječaka te prisilnim odvođenjem žena, djece i starijih muškaraca iz Srebrenice. Tužiteljstvo navodi da je ova namjera predstavljala ili uključivala počinjenje djela genocida, progona, istrebljivanja, ubojstava, deportacije i prisilnog premještanja.
Naposljetku, navodi se da je optuženi tijekom svibnja i lipnja 1995. godine sudjelovao u udruženom zločinačkom pothvatu uzimanja pripadnika Ujedinjenih nacija kao talaca kako bi se NATO prisilio da se suzdrži od zračnih napada na vojne ciljeve bosanskih Srba.
– Dvije točke za genocid (točka 1 i 2)
– Pet točaka za zločine protiv čovječnosti
– Progoni (točka 3)
– Istrebljivanje (točka 4)
– Ubojstvo (točka 5)
– Deportacija (točka 7)
– Nehumana djela (prisilno premještanje) (točka 8)
– Četiri točke za kršenja zakona ili običaja ratovanja
– Ubojstvo (točka 6)
– Teroriziranje (točka 9)
– Protupravni napadi na civile (točka 10)
– Uzimanje talaca (točka 11)
Zločini koji se navode u optužnici uključuju, između ostalih:
– Ubijanje bosanskih Muslimana i bosanskih Hrvata, uključujući ubojstvo najmanje 144 osobe u Biljanima (općina Ključ), više od 200 zatočenika u KP domu Foča, oko 150 ljudi u logoru Keraterm (pokraj Prijedora) i najviše 140 zatvorenika u logoru Sušica (pokraj Vlasenice).
– Zatočenje tisuća bosanskih Muslimana i bosanskih Hrvata u zatočeničkim objektima u životnim uvjetima smišljenima tako da dovedu do njihova fizičkog uništenja. Navedeni zatočenički objekti uključuju logor Manjača (pokraj Banja Luke), logore Omarska, Keraterm i Trnopolje (pokraj Prijedora), KP dom u Foči i logor Batković (pokraj Bijeljine).
– Ubijanje više od 7000 muškaraca i dječaka bosanskih Muslimana iz Srebrenice putem organiziranih i situacijskih pogubljenja, uključujući ubojstvo više od 1000 muškaraca u jednom velikom skladištu u selu Kravice te pogubljenje još 1000 muškaraca bosanskih Muslimana pokraj škole u Orahovcu.
– Bezobzirno razaranje privatne imovine i javnih dobara, uključujući spomenike kulture i sakralne objekte, kao što su brojne džamije širom Bosne i Hercegovine.
– Djela ubojstva koja su bila dio cilja širenja terora među civilnim stanovništvom Sarajeva provođenjem kampanje snajperskog djelovanja i granatiranja u razdoblju od 12. svibnja 1992. do studenoga 1995. Takva djela uključuju granatiranje tržnice Markale 5. veljače 1994. kada je poginulo 66 osoba, a više od 140 ljudi ih je ranjeno.