Historija Pompeja seže još u Željezno doba, u 8. stoljeće prije nove ere, u vrijeme kad je kralj Romul stvarao Rim. Važan utjecaj na Pompeje kakve danas znamo imali su Samnićani koji su gradili Pompeje od 4. st. pr.n.e. do 80. godine pr. n. e. kad su grad zauzeli Rimljani. Samnićani su protjerani iz svojih domova, a Rimljani su u njihove kuće uselili svoje ratne veterane, kojima su se na taj način zahvaljivali za lojalnost. U sljedećih 150 godina Rimljani su postojeće kuće i javne zgrade prilagođavali svojim potrebama (Jupiterov hram je postao Kapitolij), a gradili su i nove hramove, terme, odeon (akustična natkrivena dvorana za koncerte), amfiteatar…
U 62. godini grad je pogodio snažni potres urušavajući domove i javne zgrade. Zahvaljujući dobrom ekonomskom stanju, u sljedećih sedamnaest godina, stanovnici Pompeja su skoro pa mahnito obnavljali svoj grad kako bi ga vratili u normalan život. No neumoljiva priroda se ponovno poigrala s njima. Sudbonosni dan se dogodio 24. augusta 79. godine kad je Vezuv pokazao svoju snagu i u nekoliko sati posve uništio gradove u podnožju: Pompeje, Herkulanej i Stabije.
Za razliku od Herkulaneja, Pompeje nije uništio nagli tok lave, dramatično razaranje je išlo postepeno. Nakon što je eksplozivnom snagom Vezuv eruptirao piroklastični materijal, kiša lapila (sitnih vulkanskih kamenčića) i vulkanska prašina u nekoliko sati su prekrili grad. Podrhtavanje tla je bila prva naznaka katastrofe. Većina stanovnika Pompeja je već tad počela bježati, u to vrijeme u gradu je živjelo oko 16.000 stanovnika. No dio stanovništva se skrio u zaklon svojih kuća, dok su se neki sakrili u zaklon javnih zgrada nadajući se da su one čvršće i stabilnije. Arheolozi su otkrili da stanovnike u Pompejima nisu ubili pepeo i lava, već otrovni plinovi koji su nastali nakon erupcije. Nažalost, nije im bilo pomoći, ugušili su se.
Sloj zemlje, lapila i pepela dubok šest metara savršeno je konzervirao ostatke grada tako da nam arheolozi mogu s velikom preciznošću pokazati kako je tekao život u Rimsko doba. Kad pri iskapanju arheolozi svojim alatom udare u šupljinu tad je ispune gipsom, često od toga ne dobiju ništa no u slučaju Pompeja dobili su oblik tijela koja su se raspala unutar tih šupljina. Dosad je otkriveno oko hiljadu ‘tijela’ koji svjedoče užasu koji su proživljavali stanovnici tog antičkog grada. Mnoštvo odljeva prikazuje ljude koji su umrli u grču, savijeni u fetusni položaj ili ljude koji leže potrbuške pokušavajući se zaštiti. Najpotresniji je prizor tijela, navodno trudnice, koja leži potrbuške i drži ruke na licu pokušavajući se zaštititi od otrovnog plina.
Senatorska komisija cara Tita donijela je odluku da je uzaludna obnova zatrpanih gradova pa su Pompeji, kao i ostali gradovi koji su stradali od moćnog Vezuva, pali u zaborav. Povremeno se tijekom historije s navedenih lokaliteta pokušavalo iskopati nešto mramora, stupova ili umjetničkih djela (čak su se izrezivali komadimozaika ili oslikani dijelovi zidova), lovci na blago povremeno bi naišli na vrijedne predmete, no tek sredinom 18. stoljeća, za vrijeme vladavine Karla Napuljskog, počinje sistemsko iskopavanje. Pod palicom Giuseppea Fiorellija počinje sistematsko konzerviranje otkrića i planiranje iskopavanja. Vjeruje se da je do danas istraženo tri petine nekadašnjih Pompeja.
Kao cjelovito svjedočanstvo društvu i svakodnevnom životu koje ne možemo naći nigdje drugo na svijetu,lokalitet Pompeja je 1997. godine uvršten na Popis svjetske baštine, UNESCO.