Optužnica protiv Vojislava Šešelja podignuta je 14. februara 2003. Poslije dvije izmjene, u njenoj trećoj, završnoj verziji lider Srpske radikalne stranke optužen je za progon na političkoj, rasnoj i vjerskoj osnovi u istočnoj i zapadnoj Slavoniji, Bosni i Hercegovini i Vojvodini.
“U javnim govorima, Šešelj je pozivao na protjerivanje hrvatskih civila iz dijelova Vojvodine i tako podsticao sljedbenike i lokalne vlasti da se uključe u kampanju progona lokalnog hrvatskog stanovništva”
S namjerom da ospori sve ono što mu se stavlja na teret, Šešelj je dobrovoljno otišao u Hag u februaru 2003.
“Moja odluka da se branim sam je definitivna”, rekao je tada Šešelj.
A braneći se pred Tribunalom, na sve načine se trudio da omalovaži sudije i diskredituje sud, koji za njega, kako kaže, nije pravna već politička institucija. “I ništa mi ne možete, jer sam i moralno i intelektualno nadmoćniji. Protiv mene lijeka nema i možete samo da me ubijete”, poručivao je lider radikala.
“Vojislav Šešelj je zaista gotovo uspio u onome što je rekao kada je dobrovoljno, a to se treba podsjetiti, došao u Haški tribunal – da će pokazati apsurdnost toga suda i da će ga uništiti. Tokom trinaest godina koliko je tamo proveo, dobrim dijelom je uspio da dominira u sudnici i da ukaže na sve manjkavosti haških procedura. Šešelj je uspio da posvađa i haške sudije – jedni su stajali na stanovištu da mu treba nametnuti branioca, pa su to i učinili, drugi na višoj instanci su smatrali da mu se ne smije nametati branilac, pa su mu vraćali pravo da se brani sam”, kaže novinarka Ljubica Gojgić, dugogodišnji izvještač iz Haga.
Šešelj se pred sudom često služio i uvredama, posebno na račun glavne tužiteljice Carle del Ponte. Pošto je suđenje u početku direktno prenosila i državna televizija, a prenosi bili prilično gledani, to kao da je inspirisalo Šešelja da od postupka pravi predstavu.
“A vi samo dalje ometajte pripremu moje odbrane, pa ćete na kraju morati da pojedete sva go*na koja ste izasrali, je*em vam majku svima, počevši od Hansa Holthuisa, pa na dalje”, govorio je.
Hvalio se time što je na svom sajtu objavljivao imena zaštićenih svjedoka i što je izazivao sudije da mu sude za nepoštivanje suda.
“On je tri puta optužen i osuđen za nepoštivanje suda, i to ne zbog uvreda nego zbog otkrivanja identiteta zaštićenih svjedoka, a to je jako važno u Haškom sudu štititi identitet i bezbjednost tih ljudi koji dolaze da svjedoče. Ja sam negdje računala četiri i po godine zatvora je ukupna kazna koja mu je izrečena zbog nepoštivanja suda”, rekla je Ljubica Gojgić.
Ipak, u završnim riječima, u proljeće 2012, Šešelj je tvrdio da je pobio sve tačke optužnice i da bi trebalo da bude oslobođen, dok su tužioci smatrali da su dokazali krivicu i tražili da lideru radikala bude izrečena kazna od 28 godina zatvora.